Mekanisme Infeksi T478K dari Varian Delta SARS-CoV-2

Mekanisme Infeksi T478K dari Varian Delta SARS-CoV-2

Kamis, 15 Juli 2021 Sejawat Editorial 568 Covid-19

Sejak Januari 2020, WHO bekerja sama dengan Expert Networks, National Authorites, Institution and Researchers memantau dan meneliti varian baru akibat mutasi dari SARS-CoV-2. Varian yang memiliki potensi besar dalam peningkatan penularan, tingkat keparahan, menurunkan efektivitas vaksin dan efektivitas pengobatan, beserta tindakan sosio kesehatan masyarakat yang memberikan dampak progresivitas kekayaan varian dari SARS-CoV-2.

WHO bersama dengan jejaring internasional, memantau perubahan pada virus, sehingga jika terdapat mutasi baru, dapat segera teridentifikasi dengan sistem yang telah diperkuat untuk mendeteksi “sinyal” potensi Variants of Concern (VoC).

Menurut WHO, varian SARS-CoV-2 yang membutuhkan perhatian khusus adalah varian dalam kelompok Variants of Concern (VoC) di antaranya varian Alfa (B.1.1.7), varian Beta (B.1.351), varian Delta (B.1.6.17.2) dan varian Gama (P.1). Varian-varian tersebut adalah SARS-CoV-2 yang memenuhi kategori Variants of Interest (VoI) yang diartikan memiliki indikasi mutasi yang mempengaruhi sifat penularan, kepekaan alat tes, keparahan gejala, hingga kemampuan virus menghindari sistem imunitas.

Baca Juga

Selanjutnya, VoC ini juga meningkatkan penularan atau perubahan merugikan dalam epidemiologi, meningkatkan virulensi perubahan penyakit klinis, mengurangi efektivitas penanganan kesehatan seperti diagnostik, vaksin, dan terapi. Serta, mengalami perubahan karakteristik dari karakteristik semula. Oleh karena itu varian yang termasuk dalam VoC ini sangat harus diwaspadai.

Pada Oktober 2020, di Maharashtra, India, WHO mengumumkan adanya varian baru dari SARS-CoV-2 yang dapat menular 50% lebih cepat dibandingkan dengan varian Alfa. Dengan perbanding dua kali lipat dari varian Alfa, kondisi ini memicu kecemasan dan kekhawatiran. Kondisi kian mendesak sebab angka harian di Indonesia sudah menembus 29 ribu kasus (5 Juli 2021), angka yang sangat tinggi dengan mortality rate sebanyak 558.

Dikutip dari Media Indonesia, hasil riset dari panelitian yang tergabung dalam Tim Whole Genome Sequencing (WGS) SARS-CoV-2 yang bermarkas di FK-KMK UGM mengumumkan bahwa sebanyak 80% dari sampel covid-19 merupakan varian Delta. Alasan secara rinci mengapa varian Delta lebih menular dalam tahap pengkajian lebih lanjut, namun beberapa riset telah menyatakan dari mekanisme infeksi SARS CoV-2 dalam hal ini varian delta, di mana protein S yang merupakan bagian genom Covid-19 yang berikatan langsung dengan reseptor ACE2 pada sel inang manusia.

Selain itu, susunan nukleotida dari genom Covid-19 terdiri atas 30.000. Dalam menentukan urutan nukleotida pada keseluruhan genom (Whole genome sequencing atau WGS) Covid-19 mengggunakan teknologi next-generation sequencing (NGS). Mutasi T478K telah terdeteksi pada phylogenetically yang diturunkan dari B.16.17.2 (varian Delta).

Dalam penelitian Preliminary report on severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) spike mutation T478K yang rilis pada 3 Mei 2021, menganalisis lebih dari 1.000.000 sekuens genom SARS-CoV-2 yang disimpan hingga 27 April 2021. Di GISAID public repository, mengidentifikasi mutasi T478K baru yang terletak pada protein Spike SARS-CoV-2.

Secara struktural mutasi ini terletak di wilayah interaksi dengan reseptor manusia ACE2 dan terdeteksi pada sekitar 11.435 kasus berbeda. “Kami menunjukkan bahwa T478K telah muncul dan mengikat frekuensinya sejak Januari 2021, terutama di Meksiko dan Amerika Serikat, dan juga mendeteksi di beberapa Negara Eropa” tutur, Simone Di Giacomo dari Depertemen of Pharmacy and Biotechnology, University of Bologna, Bologna, Italy. Berdasarkan dari lokasi spike T478K di kompleks interaksi dengan ACE2 manusia dapat memengaruhi afinitas dengan sel manusia dan oleh karena itu memengaruhi infektivitas virus.

Sebuah study silico molecular dynamics, menyatakan bahwa pada struktur protein spike menggantikan asam amino yang bermuatan negatif (Threonine) dengan yang bermuatan positif (Lysine), sehingga secara signifikan mengubah permukaan elektrostatik protein. Ekspiremen lain menunjukkan bahwa mutasi T478K diperbanyak ketika dilakukan kultur virus SARS-CoV-2 terhadap antibodi, sehingga memungkinkan pengenalan jalur kekebalan.

Hal ini menegaskan bahwa mutasi dari varian Delta yaitu T478K memberikan potensi lebih besar pada penyintas Covid-19 terinfeksi kembali. “Tampaknya varian delta lebih bugar dan lebih cepat menular, karena memperoleh mutasi yang dapat mengecoh sistem kekebalan tubuh. Hal ini yang membuatnya lebih unggul dari varian lainnya.” Kata DR. Ravina Kullar, spesialis penyakit menular, ahli epidemiologi dan staf pengajar Sekolah Kedokteran David Geffen di UCLA.

Dari varian Delta ini, gejala-gejala yang bisa muncul seperti, sakit perut, hilang selera makan, muntah, mual, nyeri sendi, gangguan pendengaran, sakit kepala, sakit tenggorokan, pilek, dan demam. Sekalipun, pada beberapa pasien yang positif tidak menunjukkan gejala, namun keadaan ini tidak seharunya melengahkan kita.

Karena dari fakta lapangan mendeskripsikan sebagian besar lainnya mengalami keluhan dan akan memberat dalam waktu 3-4 hari. Menurut Satuan Tugas Penanganan Covid-19, menjelaskan bahwa virus varian Delta ini dapat menimbulkan komplikasi yang lebih parah pada pasien, terutama pada pasien-pasien lansia, pasien yang memiliki komorbid seperti diabetes, obesitas, hipertensi, atau asma.

Selain itu, varian Delta ini memiliki potensi lebih besar menginfeksi anak-anak, (05/07) dikutip dari Media Indonesia ketua tim Pokja Genetik, dr. Gunadi, menginformasikan bahwa tim peneliti akan bergelut pada kasus penularan terhadap anak yang kian mengkhawatirkan. “Kami akan menindaklanjuti sampel anak usia 0 hingga 5 tahun, serta umur 5 sampai 18 tahun," terangnya.

Namun, pada dasarnya dalam penelitian lebih jauh di masa yang akan datang, mutasi-mutasi dari SARS-CoV-2 akan terus bermunculan dan memberikan konsekuensi lebih dahsyat pada kehidupan manusia. Kerja sama dalam menangani pandemi ini sangat dibutuhkan, demi kemajuan pengenalan varian-varian baru kemudian dideteksi lebih awal, dibutuhkan konsentrasi dan komitmen dari masyarakat tetap patuh pada protokol kesehatan, apapun variannya.

informasi terbaru tentang Covid 19, bisa anda dapatkan di Artikel Sejawat lainnya. Temukan juga berbagai penatalaksanaan terbaru dari berbagai kondisi di Sejawat CME.