Proses Mutasi Genetik dan Selangkah Menuju Personalisasi Pengobatan Kanker
Terdapat sekitar 20.000 gen di seluruh tubuh kita. Bekerja sebagai susunan langkah atau instruksi yang terstruktur. Satu gen terkait gen yang lain untuk menentukan apa yang harus dilakukan oleh tubuh kita.
Jika salah satu dari 20.000 gen itu bermutasi, itu semacam menjadi langkah yang hilang dalam instruksi. Satu mutasi tersebut mampu memberi risiko berbahaya bagi tubuh. Salah satunya adalah kanker. Penyakit perenggut nyawa terbesar hingga saat ini.
Namun, seperti apa proses mutasi tersebut hingga menjadi satu ancaman berbahaya?
Sebuah penelitian baru yang dipimpin oleh Fred Hutchinson Cancer Research Center dan Memorial Sloan Kettering Cancer Centre mengungkap bagaimana satu mutasi tunggal dalam faktor penyambung 3b subunit 1 (SF3B1)--gen faktor penyambungan yang paling sering bermutasi--mendorong pembentukan banyak kanker.
Robert Bradley, anggota asosiasi dari divisi Ilmu Kesehatan Masyarakat dan Ilmu Pengetahuan Dasar Fred Hutch, dan Dr. Omar Abdel-Wahab, anggota asosiasi dari Program Onkologi dan Patogenesis Manusia Sloan Kettering, memimpin penelitian untuk menemukan bagaimana mutasi gen SF3B1 menyebabkan kanker. Mereka menemukan bahwa mutasi tersebut terjadi pada banyak jenis kanker, termasuk:
- Leukemia
- Sindrom Myelodysplastic
- Melanoma
- Kanker payudara
- Kanker pankreas
- Kanker hati
- Kanker kandung kemih

Integrasi data CES untuk meningkatkan identifikasi gen esensial kanker berdasarkan pada layar genetik fungsional dan data fitur molekuler. shRNA dan skor esensialitas berbasis CRISPR-Cas9 serta profil molekuler untuk setiap baris sel diperoleh dari database publik dan literatur. Untuk gen dalam garis sel tertentu, vektor fitur dibangun termasuk skor esensialitas berbasis CRISPR, skor esensialitas berbasis shRNA, serta jumlah mutasi, RPKM dari RNA-seq, ekspresi mRNA dari microarray, dan variasi jumlah salinan. Tujuan CES adalah untuk menyediakan model integrasi data dalam meningkatkan estimasi konsensus gen esensial pada kanker.
____ Untuk menyelaraskan data skrining genetik, para peneliti mengusulkan metode komputasi baru yang disebut Combined Essentiality Scoring (CES) yang memprediksi gen esensial kanker menggunakan informasi dari layar shRNA dan CRISPR-Cas9 plus fitur molekuler sel kanker. Tim peneliti menunjukkan bahwa CES dapat mendeteksi gen esensial dengan akurasi lebih tinggi daripada metode komputasi yang ada. Selanjutnya, tim menunjukkan bahwa dua gen esensial yang diprediksi memang berkorelasi dengan prognosis buruk secara terpisah untuk pasien kanker payudara dan leukemia, menunjukkan potensi mereka sebagai target obat. "Memperbaiki skor esensialitas gen hanyalah permulaan. Tujuan kami berikutnya adalah untuk memprediksi interaksi target obat dengan mengintegrasikan sensitivitas obat dan profil esensialitas gen. Mengingat volume set data skrining fungsional yang terus meningkat, kami berharap dapat memperluas pengetahuan kami tentang profil target obat yang pada akhirnya akan menguntungkan penemuan obat dalam pengobatan pribadi," kata Asisten Profesor Jing Tang, penulis penelitian. *Langkah awal dan paling terjangkau untuk menentukan langkah atau metode pengobatan dan pencegahan kanker saat ini, dapat dilakukan dengan pengujian DNA di Genetics Indonesia.Sumber:
-
Nature, 2019; DOI: 10.1038/s41586-019-1646-9
-
EBioMedicine, 2019; DOI: 10.1016/j.ebiom.2019.10.051
Tags :
Komentar (0)
Komentar
Log in untuk komentar